реестр и так сегментирован
только дело в том что проги могут видеть его весь
да и если софт удалить обычным методом, то тут по идее 2 пути
значение храниться, например для будущей активации софта
либо система сама удалит со временем
хотя я вот за контейнеризацию
вцелом виду всё равно твикерами не особо изменишь
либо ручками в редакторе политик
либо конфиденциальность в настройках
либо контекстное меню через реестр
но и реестр вроде столько не весит, чтобы бояться что то в нём оставить
а так было бы круто сделать как в линуксе appimage
ну или так же с зависимостями и библиотеками(если так ещё не сделано, ибо я не понимаю что за фигню вин ставить с софтом, какие то библотеки, которые потом она не удаляет после удаления софта)