Потому что пути файловой системы имеют, как это называют, well-defined semantics, и именно за счёт этого разные совершенно модули могут согласовывать поведение между собой. Например, url из CSS, import из ES6Modules и так далее.
Поэтому все такого рода приколы локализуйте внутри одного окружения, чтобы они не ломали неизвестно что ещё в вашем процессе сборки. Например, внутри PostCSS