А three.js же open soure. Вообще, в вашем случае лучше все самое важное хранить на сервере. Three.js графика вряд ли что ценное имхо. Но можете обфусцировать это.
Можете самое важное переписать на C++/Rust и скомпилировать в WebAssembly, но все равно придется общаться с three.js и tensorflow. Их переносить нет смысла да и очень сложно это будет и бксмысленно с точки зрения сопровождения
Да и смысла нет тащить QuickJS, там JS ровно так же будет лежать рядом, просто будет VM в VM, что будет дико топорно. Формально надо брать что-то AOT и переписывать на него с 0, хоть плюсы с 3D движком на плюсах который умеет в wasm
Это должен быть бюджет и дедлайны на год. Особенно ясли нужно прям все-все переписать. Ды и нет смысла в этом. JS можно деопфускировать. Wasm можно как и любой другой байткод декомпилировать. Единственный вариант - это перенести вычисления или часть вычислений на сторону сервера. Все. Точка