Можно попробовать покопать в этом направлении:
1) Посмотреть что у Вас находится в fIndex в момент удаления (корректный ли индекс Вы получаете)
2) Добавить проверку перед splice, что если нужный fIndex не нашелся, то прерывать выполнение и делать return
3) Прокидывать в параметр функции DELETE_FILE тот же самый fileId, а не тот что Вы получается от clientsService
Ваш способ выглядит рабочим, но похоже что внутри findIndex тот
file.id все же отличается от file_id с которым Вы сравниваете