в fzf есть две команды для индексации внутри проекта
Files - вообще все файлы внутри проекта
GitFiles - только те что застейджены в гит, из моего опыта более удобнен для навигации по проекту.
Но как уже выше спрашивали, fzf удобен когда вы уже знаете где вы хотите оказаться, для простомтра содержимого директорий и создания/копирования/удаления файлов и директорий есть более подходящие инструменты