По-умолчанию macOS очищает общий системный кеш и логи самостоятельно в 3:15 утра каждый день, раз в неделю в это же время по субботам и ежемесячно в 5:30 утра каждого первого числа. Главное, чтобы в это время Mac был подключен к питанию и не находился в режиме сна. Но проще пару раз в месяц заходить в Терминал и вводить команду:
sudo periodic daily weekly monthly