Расскажу про наш (
Sitko.ru ) опыт. Пробовали много разного. Начиная от записей на доске и заканчивая, прости господи, Мегапланом. В прошлом году с миграцией в GitHub попробовали перенести туда и задачи. Но это оказалось не очень удобно по нескольким причинам. Во-первых, Issues не очень подразумевают работу со временем - даты начала-конца, тайм треккинг и календари и так далее. Во-вторых, нет возможности смотреть глобально на всю организацию, только путём покупки каких-либо надстроек типа ZenHub. В-третьих, проект != репозиторий, у нас есть проекты с кучей реп, в итоге задачи очень сильно размазываются по ним, приходится делать мета-задачи или даже мета-репы на уровне выше, что тоже усложняет контроль. В итоге сейчас пробуем облачную джиру, там тоже не всё гладко, как минимум нет встроенных браузерных уведомлений, но расширяемость и настраиваемость практически бесконечные.