В декабре 1994 г. Сергей Ковалев выступил резко против действий федеральной власти в Чечне. До марта 1995 г. большую часть времени проводил в районе боевых действий.
Вот что пишет об этих днях Виктор Шейнис: «…Я был рядом с Ковалевым в трагическую новогоднюю ночь 1995 г., когда начался бездарный штурм Грозного, и хорошо помню, как он безуспешно пытался достучаться до разумных, как ему казалось, людей в российском руководстве и по прерывающейся радиосвязи вразумить российских военачальников, отвечавших ему ... матерной руганью. Спустя несколько месяцев он стал добровольным заложником банды, захватившей больницу в Буденновске, и тем самым предотвратил развитие событий по норд-остовскому сценарию».
Вот что рассказывает о тех события журналист Данила Гальперович: «Надо сказать, что было ощущение, что армия действует как будто сама по себе. … Было совершенно понятно, что они въезжают в танках на прекрасно пристрелянную чеченцами территорию, собственно, столицу, и на каждом из перекрестков их ожидает практически верная смерть. И когда мы выглядывали из Дворца Дудаева, и когда мы немножко передвигались по городу вначале, мы видели, что, конечно же, смерть и страдания российских солдат внутри Грозного были неисчислимы. И Сергей Ковалев очень мужественно пытался остановить эти смерти и эти страдания (Ковалев пытался дозвониться министра иностранных дел Андрея Козырева). Было ощущение, что это какая-то роковая ошибка, которая, может быть, будет свернута. Но последующие события показали, что все это надолго и со страшными последствиями».
В ночь штурма Грозного, вопреки расхожему мнению, Ковалев, никогда не призывал российских солдат сдаваться в плен. Он подробно рассказывает, что старался разговаривать с военным начальством об отмене операции, а обращение к солдатам с призывом сдаваться – выдуманная история:
http://echo.msk.ru/programs/razbor_poleta/1311364-echo/Кроме того, Сергей Ковалев и его коллеги сыграли важную роль в спасении заложников в Буденновске в июне 1995 года, вместе с несколькими депутатами журналистами он стал добровольным заложником, взамен захваченных в буденовской больнице.