Вот, по моему оно.
https://habr.com/ru/company/domclick/blog/509440/Это цикл статей (их 7 штук вроде) про то как работает npm в плане управления зависимостями и как там сделана безопасность.
Узнал для себя много интересного и по многим вещам согласен с решениями принятыми там. По размеру node_modules и по безопасности, на мой взгляд, сделано все правильно учитывая то как им удалось сохранить удобство использования.
Если есть что-то такое систематизированное по тому как внутри работает CPAN, то с радостью почитаю. Я люблю статьи такого формата, где рассказывается как и почему дошли до определенных архитекрутных решений.