Никакого двойного налогообложения на апворке нет и быть не может.
По закону вы должны учитывать как налогооблагаемую базу сумму которую платит клиент, она есть в инвойсах. Это сумма до вычета всех комиссий апворка.
БОльшая часть людей забивает на это и делает не как нужно по закону, а как удобно, то есть указывает то, что пришло на счёт. Апворк готов подписать акт с этой суммой тоже.