выводите на счет в банке
пробиваете чек по полной сумме полученной от клиента (но чаще пробивают по сумме, пришедшей в банк)
если в рублях - так и пробиваете
если в долларах снимаете, то пробиваете по курсу ЦБ
вообще по закону пробивать надо сумму, которую платит клиент
а все комиссии - это ваши расходы, их не надо минусовать