Да, должно быть что-то генерирующее IL ещё на моменте компиляции проекта в юнити. Раньше точно были независящие от юнити, но CLRсовместимые реализации питона.
По поводу интерпретации в рантайме:
От сторов мне кажется прилетает никому и никогда, потому что куча игр докачивают ресурсы внутри себя на каждый чих; игры в рантайме интерпретируют lua, js, haxe; в сторах есть IDE и веббраузеры со сторонними движками.
И вообще это откровенно тупое правило сторов, потому что реализовать динамическое исполнение логики можно даже с помощью json, xml и других по сути декларативных, но не запрещенных правилами к десериализации и анализированию (а равно интерпретации) форматов