ты юзаешь tsserver(tsuquyomi) с syntastic? Я вчера заметил, что иногда оно хорошенько так вылетает и перестает находить модули или теряет настройки проекта
я использую omni-complete из tsuquyomi только при вызове с хоткеев, а из deoplete комплит ключевых слов, omni-complete юзаю не очень часто, поэтому особых проблем не замечаю, а вот с линтом проблема