CVC вообще хранить на дисках нельзя. Никак нельзя. В памяти можно. Я даже защитил хранение в редисе в шифрованном виде (но только inmem).
Автоплатежи - зависит от эквайера, иногда достаточно RRN прикопать для повтора. Но вообще тему автоплатежей нужно согласовывать с эквайером, это от него зависит в первую очередь, по идее там и CVC не достаточно, пользователя все равно на 3DS пошлют (и вряд ли вам хочется отказываться от 3DS и брать все риски фрода на себя)