в общем виде такое не реализуется принципиально, две версии базы могут отличаться драстически
стратегии деплоймента с zero downtime это отдельная тема, но скажем если мы добавляем новое поле в таблицу - это просто
сначала накатывается апдейт на существующие данные, добавляя это поле везде с дефолтным значением, а потом апдейтим сервис
если поле переименовали то уже сложнее, старая версия сервиса может поменять значения со старым именем
может быть дешевле сделать downtime с миграцией и перезапуском