Вы не в то сообщество обратились с вопросом. К ИБ ваш вопрос не относится совсем. Если интересует целостность данных при копировании с одного "битого" харда на другой "битый" хард, то снимайте контрольные суммы со всех файлов (упаковывать в архив не обязательно). Решение уже битых файлов - перекачать все битое заново. Также читайте про SMART и следите за состоянием хардов чтоб не сыпались.