Слой — это, по сути, версия API самой телеги.
Например, в слое X добавилась поддержка стикеров, а в слое Y — архива.
Соответственно, это позволяет приложениям какое-то время работать на устаревшей версии API, реализуя более старый слой.
Типа обычный клиент уже с архивом, а tgx — нет (к примеру)