Наверно имелось в виду перенаправление вывода вашего скрипта в файл, и тогда бы не пришлось подменять stdout в скрипте, а pytest пускай выводит, как обычно
я б с мышками не баловался, капризная штука) то без подтверждения робит, то только с нею. чтоб такого избежать, нужно изучать свойства элемента на работу с мышкой