В общем, тут pycharm ни причём, можно даже vs code использовать. У тебя такой алгоритм:
1) на компе генерируешь rsa или другой ключ с помощью генератора ключа (компонент openssh или putty генератор ключа), получаешь свой открытый ключ
2) на сервере git/gitlab/bitbucket через свой профиль добавишь этот ключ в настройках ssh
3) и теперь просто клонируешь репу по ssh без запроса логопасса
Если забыл или надо новый комп присоединить к гит-серверу, заново генерируешь открытый ключ для клонирования по ssh