А раз такое дело, расскажи.
Во ту тебя conftest. В нем две фикстуры A и B. А зависит от B.
Ты делаешь conftest во вложенной папке и делаешь новую фикстуру с именем B.
Какая B будет использована в A?
Та что "ближе". Из conftest в общем с ним каталоге. Если нет, то conftest уровнем выше.