Чем глубже папка тем дольше ответ думаете? Нет, это не влияет. Анализировать нужно что и как тормозит. Поймите сначала это отдельный тип страниц тормозит или же все. Тормозит ли при отдаче статики? Slow логи смотрите (php, MySQL). Можете модули/плагины повыключать, посмотреть будет ли быстрее