Tree перекрывает Hash по возможностям. Я использовал Hash если хранил исключительно key->val данные, но если схема данных будет изменяться, то лучше, наверное, Tree.
Тем более в документации указано, что Hash оставлен для обратной совместимости:
HASH-индексы требуют уникальности полей и почти во всех отношениях проигрывают индексам типа TREE. Поэтому мы не рекомендуем использовать их в приложениях. В настоящее время Tarantool поддерживает HASH в основном для обратной совместимости.