Ну вот, у вас все конфликты скипаются, поэтому репликация у вас «работает», но инстансы с большой вероятностью имеют разные данные. Можете поселектить по ключу и посмотреть на каждом мастере.
Починить вручную можно через replace на том Мастере, чью копию хотите накатить на репликасет:
box.space.myspace:replace(box.space.myspace:get(mykey))
Если есть зависимые данные в других спейсах — придется также чинить вручную.
Чтобы не попадаться придется написать конфликт-триггер