Если выборка по первым двум даёт тысячи записей, а по трём одну, то скорее всего 2 count’a лучше. Если выборка по двум даёт десятки-сотни, то выбирать по двум и фильтровать
Интуиция подсказывает, что 2 count будет лучше :) (Кстати, индекс на 3 поля можно использовать и с 2мя полями. Так что индекс в любом случае можно делатьтна 3)