Если раздел выделен гипервизору, то нужно смотреть как там это реализовано у МС, у esxi фс блокирует доступ к файлам ВМ(конфиги и дата), если используются.
Виндовс позволяет делать грязь до сих пор... Не помню как правильно, но что то типа отложенных файловых операций. Возможно заражение было произведено ранее, а применилось после перезапуска полки... Например.... Гадание на кофейной гуще
Я конечно не великий спец, но мне непонятно как имея так мало информации делать какие-либо выводы и предположения о характере инцидента и о возможности восстановления. Мы даже архитектуры тамошней толком не знаем.