Создаёшь одну-две-три-пять сущностей. Генерируешь миграцию. Коммитишь все это. Выполняешь миграцию. Если все работает - супер. Если миграция упала - она откатиться, откатываешь проект на предыдущий коммит. И у тебя и в этом случае все работает. Если будешь дробить миграции - есть риски попасть в какой-то промежуточный стейт, когда код ещё не работает, а база уже поменялась, но не полностью
О кстати, вот в чем ещё проблема. Например: есть таблицы users, subscriptions Миграция одна, мы тестируем Subscriptions, если тут что-то не так, то все пользователи удалятся при откате, а значит, придётся снова регистрироваться
Но никто не мешает дробить это как угодно мелко. Создал сущность только с ид - сгенери миграцию. Добавил поле - ещё одну сгенери. Добавил вторую табличку - ещё миграция. Добавил релейшен - ещё одна.