Проблема действительно в xdebug. Я его отключил, и все заработало нормально. Непонятно теперь, как это лечить. Видимо, запущен какой-то процесс, который надо кильнуть.
Ну, видимо, надо выключать дебаггер для пересборки. В схеме с nginx можно сделать 2 сборки пхп (с установленным xdebug и вообще без него) и через наличие куки xdebug_session раскидывать запросы по разным апстримам