Есть контейнер - это сгенерированный файл. Если на сервис нет ссылки в коде - он в контейнер не попадает. Как только он попадает в код - он попадает в конфиг контейнера. При это все равно билдер контнейнера пробегает по всем файлам из конфига лоадера. И судя по тому, что на скрине Константина, то те, на которые нет ссылок, лежат в отдельном "конфиге" контейнера. Но это имхо.