Изменились данные. Я в своем случае нашел эту ячейку и обновил вручную. Но все равно есть баги, когда удаленная ячейка по-прежнему остается. Я не знаю почему, но в официальным примерах вместо .move используют связку .remove + .insert анимаций UITableView при использовании NSFetchedResultController. Но меня это не устраивает, так как теряется выделение в таблице, его можно заново выставлять, но выглядит это некрасиво.