В целом я для себя рабочую схему нашел, сейчас испытываю. У меня будет три гитовых проекта, core (абстрактные объвязки над сетью, парсингом, работой со звуком и т.д.), common (модули бизнес-логики) и ui-kit (кастомные вьюхи, стили, анимации и т. д.). В рамках своего репозитория модули будут иметь каждый свой артефакт, и друг от друга зависеть могут, но только через мейвен, а не compile project(). Вне репозитория только common от core, при чем только на релизную версию. Версии, как у вас, буду держать в отдельном config.gradle файле, и между репозиториями уже придется мануально согласовывать. Но это меньшее из зол, да и есть подозрение, что это не то чтобы часто придется делать, и я занимаюсь преждевременной оптимизацией.