вкратце - вторая более с++ совместима, поменяли названия некоторых функций, в cubemx генератор делает гораздо больше приоритетов, из-за чего растет начальный размер прошивки.
Не забываем, что и то, и другое - это нашлепка на собственно FreeRTOS.
Подключите контакты А и В энкодера к каналам (РА6, РА7) и подтяните их к «земле» резисторами 10 — 20кОм (можно воспользоваться внутренней подтяжкой). Центральный контакт соедините с «плюсом». Можно наоборот, каналы подтянуть к «плюсу», а центральный на «землю».