а platformIO умеет с makefile работать? я просто создавал makefile проекты в кубе, и компилировал их из sublimetext, который эти makefile по умолчанию поддерживает
platformIO вроде чисто ардуиновская штука. не думаю что она сможет с кубовским проектом работать. а у вас на какой редактор кода platformIO установлен?
не знаю что такое marlin. но вам надо узнать, поддерживает ли VScode утилиту make. тогда вы сможете компилировать кубовский проект из VScode, если вам именно это требуется, а не что то другое