Работающий вочдог выводит мк из standby. Решил так: когда нужно перейти в standby пишу в бекап регистр rtc некоторое значение и перезагружаюсь, при инициализации мк и ДО инициализации iwdg вычитываю этот регистр и если это значение там есть - сбрасываю его и ухожу в standby так и не выполнив запуск iwdg