Мб глупый вопрос, но git add не помогает?
файлы выделяются белым цветом, когда они не добавлены в гит, то они красные. Если вношу в них изменения, то в Version Control они появляются, нажимаю коммит и их нет в списке измененных файлов уже, то есть, их нельзя выбрать/поставить галочку, т.к. их тупо там нет