VN
1. Выгрузить+загрузить
2. П.1 + разобрать собрать.
3. П.2 + изменить переносы в lf.
Если поведение самой 1с п.3 отличается от п.2, то собранный ещё раз разобрать и посмотреть отличия от предыдущего состояния XML нет ли чего кроме переносов.
Но такого поведения как пишете выше быть не должно((