Гитхаб под капотом использует гит. Когда ты на сайте делаешь редактирование файла, вызывается команда изменения файла, помещения файла в индекс, коммит и отправка в удалённый репозиторий. Так же и мерж пулл реквеста - пулл реквест - это сущность, которая есть только на сервере, в ней есть комментарии, история, метки и прочая визуализация. А когда ты нажимаешь мерж, подкапотный гит сливает две ветки между собой, ничего не зная про все эти комментарии