из-за режима совместимости метаданные в выгруженных файлах могут отличаться от метаданных, выгруженных в cf, т.к. платформа модифицирует их исходя из доступного функционала текущей версии платформы
при повторной выгрузке/загрузке будет выгружаться/загружаться нормально
например, режется старый механизм предопределенных и всякие настройки форм.... я так чуть не поседел, когда столкнулся с вашей проблемой у себя, так как при загрузке/выгрузке одной и той же конфы запускалась реструктуризация