Для ручного запуска гитсинка не обязательно отключаться от хранилища. Достаточно под нужным пользователем не быть авторизованным, т.е. закрыть конфигуратор, не "входить" в хранилище.
По-моему я и такой сценарий пробовал. Валилось толи с ошибкой, что пользователь занят; толи что уже к другой базе подключен. Перепроверю при следующем запуске.
там еще есть разница между подключением к хранилищу через гуй и через консоль. в интерфейсе выглядит одинаково, но гитсинк консольное подключение сможет обработать, а гуевое - нет :)
там трава дикая например есть прикол, когда подключаешься к хранилищу через платформу старшей версии, то хранилище будет приведено к этой же версии даже без выкладывания кода и к нему уже не подключиться из-за несовместимости версий