в начале кода регзадания должен стоять вызов ОбщегоНазначения.ПриНачалеВыполненияРегламентногоЗадания() (если конфигурация с БСП, конечно). В процессе обновления данных ИБ регзадания выполняться не должны, но если они явно не отключены, то этот метод их глушит. При этом они пишут исключение в ЖР, а обновление доходит спокойненько до конца.