Это поведение по стандарту.
1с всегда идет своим путем. Есть куча статей в интернете, где написано, что исключения для ситуаций, на которые вы не можете повлиять, которые вы не ожидали. Например отсутствие доступа к файлу. Отрицательные остатки при проверки - это не исключительная ситуация. Система на то и спроектирована - проверять их, вполне ожидаемо, что остатков может не хватить. Иначе зачем тогда параметр Отказ в проведении?
А система обработки исключений в 1С (точнее почти полное ее отсутствие) не дает нормальной программной обработки отчего же пришло исключение