Вроде, механизм патчей позволяет удалять лишнее при обновлении конфигурации. В процедуре обновления должна вызываться проверка расширений на патчи и удалять те, в которых перечислены старые версии подсистемы.
Если ты обновляешься из пользовательского режима, то там формируется скрипт, который ДО обновления удаляет все расширения-патчи. После того, как обновление будет загружено, опять же из пользовательского режима запускается скрипт, который должен возвертать нужные расширения-патчи, если они после обновления, и в правду нужны. Если патч уже зашел в cfu - то он не устанавливается. Повторюсь, это если все "из коробки" пользовательского режима. Если же эту работу делает человек из конфигуратора, то самое первое что он должен сделать, во избежание проблем - просто удалить все патчи руками.
Т.е. механизм патчей, действительно позволяет полноценно и грамотно отключить-подключить все патчи, если? Если вы делаете все из пользовательского режима.