Да нет, ну к примеру на файловом сервере куда летят копии баз, даты создания идут как положено +1 день, а вот на NAS куда летят копии баз дата изменения файлов стоит от числа последней копии всех. "Делать отдельные копии с временными отметками" у меня этой настройки не стоит.
С галкой "Делать отдельные копии с временными отметками" он у меня создает подпапки в каталоге, куда настроены бэкапы. В подпапки копирует только новые файлы, которые появились в каталоге Источника.