И
1) иис очень сложен в настройке, это ни апач или нджинкс+пхпфпм
2) постоянно возникают ошибки, постоянно нуждается в отладке ( и дело не в кривых руках) при достаточной нагрузке
3) по ряду тестов апач оказался куда производительный(это по первым ссылкам в Гугле найти)
Единственный + иис - это поддержка, остальных увы не вижу