в момент инсталяции htop-ом нагрузку на сервер проверить, плюс, если подозрение на долгий отклик субд - в настройках логирования запросов выставить логирование всего , с указанием времени выполнения транзакции. если очень долго - значит дело в базе.
ппц вы, ребята, поехавшие.
просто в параллельной консоли подключаешься и делаешь в mysql "show processlist;"
если инсталляция идет - будет видно запросы. поскольку на сайте не должно быть других посетителей и других запросов, то сразу понятно зависло или тупит.