Это уже дело техники. Конкретно письма я предпочитаю бэкапить rsync. Только он дает хорошую скорость при синхронизации сотен тысяч файлов. Тут бэкап виртуалки уже не подходит, так как виртуалка с почтовым архивом весит 2 Тб.
смотря чем бэкапить. Если софт умеет делать инкрементальный бэкап имаджа, то проблем нет. Создаётся снапшот машины, и сливается дельта (по отношению к предыдущему бэкапу).