Любому вебсерваку похер, где будет рут деректория, что укажешь, то и будет, делается это в конфиге sites-avalible или как-то там, в этой папке создаётся конфиг файл, в котором ты указываешь домен, руд директорию, для хттп это вся настройка, ну и логи ещё за однно.