После переустановки сервера БД и новых тестов пришел к выводу что и правда проблема с сервером приложения. Промониторив пакеты при помощи wireshark на БД я увидел, что подтверждение получения ответа от сервера приложения приходит вовремя, за малый промежуток времени, а дальнейшие 400 мс теряются где-то выше стека tcp/ip, похоже, и на сервере приложения. При этом, если включить wireshark на сервере приложения, то внезапно всё нормально и эти 400 мс не теряются...