У меня подобная задача была, нужно было проверять кучу баз с множеством партиционированных таблиц и желательно ежедневно. Делал так: самые старые партиции проверял раз в неделю, далее за последний год по дням от самой старой до самой новой с учётом изменений данных в конкретной партиции. Это все конечно работает, но долго как ни крути. Лучшее решение это конечно делать регулярное восстановление базы отдельно и там же проверять. Таким образом вы делаете ещё и проверку вашего бэкапа, что тоже не помешает.