все зависит от стэка, который используете, если у вас все просто и примитивно достаточно простеньких скриптов на Python/C#/Java что вы там используете или на худой случай хранимых процедур если нет знаний других языков програмирования
из бесплатных ETL средств рекомендую присмотреться к
https://www.talend.com/products/data-integration/ (если бы больше времени было на тестирование возможно бы выбрали его), мы используем
https://habr.com/ru/post/465299/ (но это если Python активно используете и тоже своих особеностей хватает)
из всего многообразия реально выбрать тяжело, в свое время более 20 штук тестировали, но реально работающих и покрывающих наши нужды из бесплатных не так уж и много в итоге оказалось