думаю с лефтджойном с исНулл было б удобнее, хотбяы не нужно было б список два раза обявлять.

Вот таким запросом, я получил нужный результат, а как вывести через разность не соображу

SELECT Number FROM Shop WHERE (Number in (6284,5129,5142,5249,5336,5394,5530,5608,5792,5889,5960,6137,6161,5112,5137,6426,5189,5571,5678,6027,6134,6190,6283,6303))
AND Number not in (SELECT DISTINCT ShopID
FROM Questionaries
WHERE ShopID in (6284,5129,5142,5249,5336,5394,5530,5608,5792,5889,5960,6137,6161,5112,5137,6426,5189,5571,5678,6027,6134,6190,6283,6303) and Date BETWEEN ('2020-09-01') and ('2020-09-28')
)

Вот таким запросом, я получил нужный результат, а как вывести через разность не соображу

SELECT Number FROM Shop WHERE (Number in (6284,5129,5142,5249,5336,5394,5530,5608,5792,5889,5960,6137,6161,5112,5137,6426,5189,5571,5678,6027,6134,6190,6283,6303))
AND Number not in (SELECT DISTINCT ShopID
FROM Questionaries
WHERE ShopID in (6284,5129,5142,5249,5336,5394,5530,5608,5792,5889,5960,6137,6161,5112,5137,6426,5189,5571,5678,6027,6134,6190,6283,6303) and Date BETWEEN ('2020-09-01') and ('2020-09-28')
)

Вот таким запросом, я получил нужный результат, а как вывести через разность не соображу

SELECT Number FROM Shop WHERE (Number in (6284,5129,5142,5249,5336,5394,5530,5608,5792,5889,5960,6137,6161,5112,5137,6426,5189,5571,5678,6027,6134,6190,6283,6303))
AND Number not in (SELECT DISTINCT ShopID
FROM Questionaries
WHERE ShopID in (6284,5129,5142,5249,5336,5394,5530,5608,5792,5889,5960,6137,6161,5112,5137,6426,5189,5571,5678,6027,6134,6190,6283,6303) and Date BETWEEN ('2020-09-01') and ('2020-09-28')
)

тут получилось вывести номера магазинов, которые не прислали данные за сентябрь

У тебя список для shop id и  number один и тот же. Так не может быть

есть 2 таблицы. первая Shop в которой нужные столбцы это Number(номер магазина) и Name(название и полный адрес магазина)
и вторая таблица  Questionaries в которой поле Questionaries.ShopId =Shop.Number  (номер магазина)


Нужно из 24 номеров магазина найти, список тех которые не прислали данные в сентябре месяце

есть 2 таблицы. первая Shop в которой нужные столбцы это Number(номер магазина) и Name(название и полный адрес магазина)
и вторая таблица  Questionaries в которой поле Questionaries.ShopId =Shop.Number  (номер магазина)


Нужно из 24 номеров магазина найти, список тех которые не прислали данные в сентябре месяце

ну смотри, по условию получается, что нам нужно найти те магазины, у которых в таблице Questionaries не будет записей, датированных сентябрем

У тебя список для shop id и  number один и тот же. Так не может быть

а че не может быть? судя по всему это как раз внешний шоп_ид это внешний ключ к Намбер...

оба поля в одной таблице. Если у них одинаковые значения -- это как-то странно

1. Скобки в BETWEEN лишние
2. DISTINCT лишний.
3. IN лишний в Exists.  достаточно написать Questionaries.ShopID=Shop.Number

SELECT Number
FROM Shop s JOIN Questionaries q1 on q1.ShopID=s.Number
WHERE Number in (6284,5129,5142,5249,5336,5394,5530,5608,5792,5889,5960,6137,6161,5112,5137,6426,5189,5571,5678,6027,6134,6190,6283,6303)
AND
NOT EXISTS
(SELECT ShopID
FROM Questionaries
WHERE Date BETWEEN '2020-09-01' and '2020-09-28'
)

Попробовал данный пример, результат пустой